Bartholome Honnerlag wurde am 19. August 1740 in Trogen als Sohn des Arztes Bartholome (1700–1774) und der Maria Elisabetha Honnerlag-Walser (1705–1770) geboren. 1765 heiratete er Rosina Zellweger (1746–1828), eine Tochter aus zweiter Ehe des Handelsherrn Conrad Zellweger-Sulser (1694–1771) mit Marie Erleholzer (1714–1771). Er hatte zahlreiche Brüder und Schwestern.

Öl auf Leinwand, wohl gemalt zur Hochzeit 1765. Mit der Rechten weist Honnerlag auf ein Buch von Hippokrates, das noch heute in der Kantonsbibliothek steht. Oben rechts die Inscriptio: „Haec mea post fata manebunt – Dies blieb von mir nach meinem Tode übrig.“

Bartholome Honnerlag studierte in Zürich, Basel, Strassburg und Paris Medizin. Ab 1763 praktizierte er als Dr. med. in Basel, bevor er 1764 nach Trogen zurückkehrte. Er richtete im Sonnenhof, den sein Vater für ihn hatte erbauen lassen, eine Praxis ein, die er von Laurenz Zellweger (1692–1764) übernahm. Am 1. November 1765 heiratete er Rosina Zellweger (1746–1828), eine Nichte seines Vorgängers. Seine Praxis war weitherum bekannt und er hatte bald Patienten aus St.Gallen, dem Thurgau und aus dem Vorarlberg. In seinem Wohnhaus eröffnete er eine Privatklinik für Geisteskranke, die erste solcherart auf Kantonsgebiet. Bartholome Honnerlag-Zellwegers Behandlungsmethoden fanden teilweise Eingang in seine Korrespondenz mit seinem Vetter, dem Zürcher Stadtarzt Johann Caspar Hirzel (1725–1803).

1784 wurde er Gemeindehauptmann von Trogen, 1786–1794 war er Ausserrhoder Landeshauptmann, 1794–1797 Landesstatthalter. Er trat von seinem Amt aus Protest gegen die Umtriebe der «Franzosenpartei» zurück.

Die Federzeichnung von Johann Ulrich Fitzi, die Statthalter Honnerlag darstellt, befindet sich im ersten Band der «Lucubrationen», der wissenschaftlichen Arbeiten des Trogner Arztes Johann Georg Schläpfer aus dem Jahr 1829.

Bartholome und Rosina Honnerlag-Zellweger waren beide sehr musikalisch – «er spielte die Violine und seine Gattin die Orgel» – und gastfreundlich. Der Sonnenhof war zu Lebzeiten der beiden als offenes Haus bekannt, das von zahlreichen Gästen stets gerne besucht wurde.

Bartholome Honnerlag-Zellweger starb 22. August 1815 in Trogen. Seine Frau überlebte ihn um 13 Jahre.