Jakob Zellweger-Zuberbühler wurde am 25. Dezember 1770 als Sohn des Johannes (1730–1802) und der Anna Zellweger-Hirzel (1732–1802) in Trogen geboren. Sein Bruder war Johann Caspar Zellweger-Gessner (1768–1855), ausserdem hatte er einen Stiefbruder aus erster Ehe seines Vaters mit Katharina Barbara Schiess (1740–1765): Johannes Zellweger-Hirzel (1764–1832). Jakob Zellweger heiratete 1793 Anna Barbara Zuberbühler (1775–1815), Tochter von Johann Georg Zuberbühler (1746–1785), Arzt in Speicher.
Jakob erhielt zunächst Privatunterricht in Trogen, bevor er 1785–1788 eine kaufmännische Ausbildung in den Filialen des väterlichen Handelsunternehmens in Lyon und 1788–1789 in Barcelona machte. 1789 stieg er im Trogener Stammhaus ein und wurde 1792 Teilhaber der Handelsfirma. Ab 1802 leitete er mit seinem Bruder Johann Caspar Zellweger-Gessner die «Zellweger & Comp.» und war nach dessen Austritt 1808 alleiniger Firmeninhaber.
Wichtiger als die Handelsfirma und seine Tätigkeit als Kaufmann war ihm jedoch seine Karriere als Politiker. Ab 1790 amtierte Zellweger als Ratsherr in Trogen, 1796 als Ausserrhoder Grossrat und 1798 als Landeszeugherr. Während der Helvetik 1798–1801 lebte er im Exil im Vorarlberg. Zurück in Ausserrhoden stieg er politisch rasch auf: 1801 wurde er Deputierter an der helvetischen Tagsatzung und Senator. 1802–1818 wirkte er als Landammann und Tagsatzungsgesandter. Seine konservative Gesinnung liess ihn zum engagierten Föderalisten werden. Darum und auch wegen seiner regen Kontakte zu Österreich nahmen ihn die Franzosen 1802–03 für drei Monate in Aarburg in Arrest und erreichten 1809–10, dass er aufgrund angeblicher Kontakte zu den Tiroler Aufständischen sechs Monate unter Hausarrest gestellt wurde.
Zellweger-Zuberbühler fungierte als eidgenössischer Repräsentant 1814–15 im Kanton St. Gallen und 1815 während des 6. Koalitionskriegs im Hauptquartier von General Niklaus Franz von Bachmann. Im Kanton Appenzell Ausserrhoden betrieb er die rasche Wiederherstellung der alten Institutionen und gebot in absolutistischer Weise bis zu seiner Abwahl 1818.
Die Geschäftsführung kam unter seinem politischen Engagement zu kurz und litt unter seinen mangelhaften kaufmännischen Fähigkeiten und seinem prunkhaften Lebensstil. Unter Mithilfe seiner Frau Anna Barbara (1775–1815) und seines Bruders Johann Caspar (1770–1855) existierte sein Handelsunternehmen bis 1817, dann liquidierte er es.
Von 1803–05 liessen Jakob und Anna Barbara Zellweger-Zuberbühler am Trogner Landsgemeindeplatz durch Konrad Langenegger (1749–1818) von Gais ein prunkvolles Wohn- und Geschäftshaus erbauen, das ganz auf das öffentliche Leben und die politische Karriere Jakobs hin angelegt war. So erlebte der bis heute prunkvoll ausgestattete Festsaal im dritten Obergeschoss manches Fest und manchen Empfang. Zellweger-Zuberbühler empfing beispielsweise am 6. April 1814 den russischen Gesandten, den Grafen Capo d’Istria, zur Landsgemeinde oder im Juli 1816 Madame la Duchesse de St. Leu, Hortense de Beauharnais, die Ex-Königin Hollands und Stieftochter Napoleons, der er in Trogen in seinem Haus ein Diner ausrichtete. Aber auch den König von Württemberg, den Grossfürsten Michael und Nikolaus, den späteren Zaren von Russland, begrüsste er in seinem Haus.
1804, während der Bauarbeiten an ihrem Palast und als Höhepunkt ihrer gesellschaftlichen Karriere, fuhren die Eheleute Zellweger-Zuberbühler nach Paris. Jakob nahm mit sechs weiteren Vertretern der Eidgenossenschaft an einer Privataudienz bei Napoleon Bonaparte teil, an der sie einige brisante Themen zur Sprache bringen wollten. Die Audienz verlief für die Schweizer enttäuschend. Bonaparte hatte kein einziges der Themen angesprochen. Dafür wurde die Teilnahme an der Krönung Bonapartes zum Kaiser Napoleon I. am 2. Dezember 1804 in der Notre-Dame de Paris zu einem unvergleichlichen Erlebnis.
Jakob Zellweger-Zuberbühler starb am 6. April 1821 in Rheineck.
» Die Allgemeine Deutsche Biographie ADB über Jakob Zellweger