Johann Caspar Zellweger-Gessner wurde am 24. Februar 1768 als Sohn des Johannes (1730–1802) und der Anna Zellweger-Hirzel (1732–1802) in Trogen geboren. 1790 heiratete er in Oberuzwil Anna Dorothea Gessner (1763–1823), eine Tochter des Zürcher Malers und Dichters Salomon (1730–1788) und der Juditha Gessner-Heidegger (1736–1818).
Nach Privatunterricht in Zürich und Trogen erhielt Johann Caspar 1782-1786 im Zweigbetrieb des väterlichen Unternehmens in Lyon eine kaufmännische Ausbildung. 1786 wechselte er in die Genueser Filiale, die er in den 1790er Jahren leitete. 1799 kehrte er mit seiner Familie nach Trogen zurück. Nach dem Tod des Vaters 1802 wurde Zellweger-Gessner mit seinem Bruder Jakob Zellweger-Zuberbühler Besitzer der Handelsfirma «Zellweger & Comp.», die er als Geschäftsführer leitete.
Als Wohn- und Geschäftshaus liess er 1802–1809 in Trogen den imposanten Fünfeckpalast bauen. 1808 trat er aus gesundheitlichen Gründen aus der Firma aus. Er behielt einzig die Leitung der Spinnereifabrik, deren Gründung er 1804 in Trogen initiiert hatte und die als eine der ersten mit leistungsfähigen wasserradbetriebenen Maschinen ausgerüstet war. Als die Fabrik 1814 niederbrannte, verzichtete Zellweger-Gessner auf einen Wiederaufbau und beendete seine unternehmerische Karriere endgültig.
Johann Caspar Zellweger-Gessner widmete sich fortan gemeinnützigen Zwecken und setzte sich für die Kultur und Bildung im Kanton Appenzell Ausserrhoden ein. Nach 1814 betrieb er ausgiebige Quellenstudien und historische Forschungen. Er verfasste umfangreiche Werke zur Appenzeller Geschichte sowie zu den diplomatischen Beziehungen der Schweiz mit Frankreich. Diese Forschungen verstand er primär als Beitrag zur Volksbildung, einem seiner zentralen Anliegen.
Inspiriert von Philipp Emanuel von Fellenberg gründete Zellweger in Trogen 1821 zusammen mit Michael Tobler-Zuberbühler (1761–1830) und Johann Conrad Honnerlag (1777–1838) die Kantonsschule und 1824 die Armenschule. Beiden schenkte er die notwendigen Gebäude und Einrichtungen, den Leiter der Armenschule, Johann Konrad Zellweger, liess er auf eigene Kosten in Hofwil ausbilden. 1835 gab er den Anstoss zur Gründung der Erziehungsanstalt Bächtelen in Wabern. Zur eidgenössischen Integrationsfigur wurde Zellweger-Gessner über seine Tätigkeit im Vorstand der Schweizerischen Gemeinnützigen Gesellschaft, die dank seiner Impulse 1823, 1835 und 1850 vor der Auflösung bewahrt wurde. Er führte die Gesellschaft nach 1823 von der Theorie weg zur praktischen Philanthropie. Seine zahlreichen Referate und Aufsätze weisen ihm innerhalb der Gesellschaft eine Sonderstellung zu.
Zellweger-Gessner war auch Mitinitiant der 1821 gegründeten Sparkasse Trogen, 1822 Mitgründer der sankt-gallisch-appenzellischen Gemeinnützigen Gesellschaft, die er später präsidierte, und 1841 Neugründer der Schweizerischen Geschichtforschenden Gesellschaft, der er bis 1843 vorstand. Er gehörte zu den herausragendsten Schweizer Vertretern des Philanthropismus.
Auch politisch war Johann Caspar Zellweger-Gessner äusserst aktiv. So wirkte er während der Helvetik 1800–02 als Vizepräsident der Gemeinde Trogen sowie als Erziehungsrat im Kanton Säntis, für den er mit der Aufhebung des Einfuhrverbots für Rohstoffe eine Lockerung der Handelssperren erzielte. 1822 wurde er als politisch unbelastete Respektsperson zum eidgenössischen Zollrevisor ernannt. Seine Bemühungen für ein schweizerisches Zollkonkordat scheiterten jedoch und liessen ihn 1833 zurücktreten.
Johann Caspar Zellweger-Gessner starb am 31. Januar 1855 in Trogen.
» Die Allgemeine Deutsche Biographie ADB über Johann Caspar Zellweger