Johannes Zellweger-Hirzel wurde am 6. Dezember 1730 in Lyon als Sohn des Johannes (1695–1774) und der Ursula Zellweger-Sulser (1699–1737) geboren. Er heiratete am 23. März 1759 Katherina Barbara Schiess (1740–1765) von Herisau. Dieser Ehe entsprangen drei Kinder, Johanna Ursula (10. Mai 1762), Maria Magdalena ( 27. April 1763), die beide noch vor ihrer Mutter sterben, und Johannes (13. August 1764). Anderthalb Jahre nach dem Tod seiner Frau am 4. April 1765 verheiratete sich Johannes Zellweger-Hirzel ein weiteres Mal. Seine zweite Frau Anna Hirzel (1732–1802) war die Schwester des Zürcher Stadtarztes Johann Caspar Hirzel (1725–1803) und des Geschichtsschreibers Salomon Hirzel (1727-1818). Sie brachte zwei weitere Söhne zur Welt, Johann Caspar (1768–1855) und Jakob (1770–1821).

Öl auf Leinwand von Felix Maria Diogg, um 1794

Johannes Zellweger-Hirzel durchlief bis ca. 1753 eine kaufmännische Ausbildung im väterlichen Handelshaus in Lyon. Ab 1755 führte er mit seinem Bruder Jakob Zellweger-Wetter (1723–1808) als Teilhaber die Firma «Gebr. Zellweger & Comp.» in Trogen, Lyon und Genua. In den 1790er Jahren beteiligte Zellweger-Hirzel seine Söhne Johann Caspar Zellweger-Gessner (1768–1855) und Jakob Zellweger-Zuberbühler (1770–1821) an der eigenen Firma, die in «Zellweger & Comp.» umbenannt wurde. 1774 trennte er sich kurz vor dem Tod seines Vaters vom Bruder und gründete die Firma «Zellweger Vater & Comp.» in Trogen, Lyon und Genua. Von 1789–1795 war er zudem Teilhaber am Handelshaus Johannes Walser & Co. in Herisau.

Auch politisch äusserst aktiv, war er von 1758–1760 Ratsherr und Gemeindeschreiber in Trogen, 1760 Quartierhauptmann und 1766–1767 Ausserrhoder Landesfähnrich.

Die Jahre 1798–1799 verbrachte Zellweger-Hirzel aus politischen Gründen im Exil in Bregenz. Er gehörte zu seiner Zeit zu den reichsten Schweizern und repräsentierte die Handelsdynastie Zellweger auf ihrem Höhepunkt. Ab 1764 war er Mitglied und 1776 Präsident der Helvetischen Gesellschaft. Er verstarb am 18. Februar 1802, am Tag des Begräbnisses seiner Frau.

Ölgemälde von Johannes Zellweger-Hirzel im Schlafzimmer der Zellweger-Wohnung im Fünfeckpalast, um 1770

Johannes Zellweger mit seinem ältesten Sohn gleichen Namens, fotografische Reproduktion eines Ölgemäldes von ca. 1766 in der Zellweger-Wohnung im Fünfeckpalast, ca. 1890